A fauna pantaneira é muito rica. Foram catalogadas 656 espécies de aves (no Brasil inteiro estão catalogadas cerca de 1800). A mais espetacular é a arara-azul-grande, uma espécie ameaçada de extinção. Há ainda tuiuiús (a ave símbolo do Pantanal), tucanos, periquitos, garças-brancas, beija-flores (os menores chegam a pesar dois gramas), socós (espécie de garça de coloração castanha), jaçanãs, emas, seriemas, papagaios, colhereiros, gaviões, carcarás e curicacas.
No Pantanal já foram catalogadas mais de 1.032 espécies de borboletas. Contam-se mais de 124 espécies de mamíferos, sendo os principais a onça-pintada (atinge a 1,2 m de comprimento, 0,85 cm de altura e pesa até 150 kg), capivara, veado-campeiro, veado-catingueiro, lobo-guará, macaco-prego, cervo-do-pantanal, bugio-do-pantanal (macaco que produz um ruído assustador ao amanhecer), caititu, queixada, tamanduá-bandeira, cachorro-do-mato, anta, bicho-preguiça, ariranha, onça-parda, quati, tatu etc.
A região também é extremamente piscosa, já tendo sido catalogadas 263 espécies de peixes. Algumas espécies encontradas são: piranha (peixe carnívoro e extremamente voraz), pacu, pintado, dourado, cachara, curimbatá, piraputanga, jaú e piau.
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| Jacaré-do-pantanal. |
Foram identificadas 93 espécies de répteis. Dentre eles estão o jacaré (jacaré-do-pantanal e jacaré-coroa), cobra boca-de-sapo (Jararaca), sucuri, Jiboia-constritora, Cobra-d'água, cobras-água e outras), lagartos (iguana, calango-verde) e quelônios (jabuti e cágado).
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