São Tomé e Príncipe tem um clima do tipo equatorial, quente e húmido, com temperaturas médias anuais que variam entre os 22 °C e os 30 °C. É um país com uma multiplicidade de microclimas, definidos, principalmente, em função da pluviosidade, da temperatura e da localização. A temperatura varia em função da altitude e do relevo.
Devido às montanhas e ao vento sudoeste, a maioria das precipitações cai ao sul e sudoeste das ilhas. Ao norte de São Tomé, o clima é mais seco, com paisagem de savana. Em São Tomé, 1 000 mm de precipitação cai no nordeste e 4 000 mm no sudoeste.
As estações são controladas pela variação na zona de convergência intertropical. Há duas estações chuvosas que coincidem com o equinócio em Março e Setembro. Entre eles estão os meses de vento de Maio a Agosto e os meses de maior calor de Dezembro a Fevereiro. A estação seca é mais perceptível no norte e leste e no sudoeste pode estar ausente por alguns anos.
O padrão de ocupação afetou o clima e a vegetação. Isso aconteceu apenas quando as plantações de açúcar foram plantadas e a floresta ao norte da ilha foi limpa. Aqui, as áreas foram secas para que apenas grama e baobá cresçam.[
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