O munícipio de Entre Rios faz parte do Litoral Norte do estado da Bahia, junto com as cidades de Lauro de Freitas, Camaçari, Mata de São João, Esplanada, Conde e Jandaíra (Bahia) — apresentando cerca de 200 km de litoral.
A fim de proteger biomas, foi aprovada a criação da Área de Proteção Ambiental (APA) - Litoral Norte, por meio da resolução de nº 1.040 em 21 de fevereiro de 1995. A APA abrange porções territoriais dos municípios de Mata de São João, Entre Rios, Esplanada, Conde e Jandaíra, apresentando uma faixa litorânea com 10 km de largura e 142 km de extensão, ao longo da Linha Verde (Bahia).[11] O objetivo foi conservar e preservar os remanescentes da Mata Atlântica e ecossistemas associados como os manguezais, restingas, áreas estuarinas, dunas e lagoas.
Segundo classificação utilizada pelo IBGE, o munícipio faz parte da microrregião de Entre Rios, tem como região imediata a cidade de Alagoinhas, e como região intermediária a capital Salvador. Tem como região de influência Alagoinhas, e o seu território pertence ao Sistema Costeiro-Marinho. Seu bioma é a Mata Atlântica.
A área do município apresenta em seu território bom remanescente de Mata Atlântica. A biodiversidade é grande, e há, por exemplo, um remanescente de Floresta Estacional Semidecidual no local, com mais de 190 espécies registradas.
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