Quando as Américas do norte e do sul ligaram-se pelo istmo do Panamá, ocorreu o Grande Intercâmbio Americano quando a fauna terrestre e aquática (água doce) pôde, então, migrar do norte para o sul e vice-versa.
Os animais nativos da América do Sul pertencem, em sua maioria, ao chamado domínio neotrópico da zoogeografia. A fauna das florestas tropicais caracteriza-se pela abundância de macacos, antas, roedores (inclusive a capivara, o maior roedor do mundo), aves (papagaios, garças, etc.) e répteis (jacarés). Os animais de grande porte da família dos felídeos são relativamente raros, bem como os grandes herbívoros. Os mais característicos membros da fauna amazônica são o peixe-boi, mamífero aquático e vegetariano, e a piranha, peixe de pequeno porte e de grande ferocidade.
A região dos Andes, as estepes frias e desertos da Patagônia possuem uma fauna peculiaríssima. Os mais importantes animais nativos dos Andes centrais são os quatro membros do ramo americano de camelídeos: guanaco, lhama, alpaca e vicunha não foram inteiramente domesticados, mas o lhama e a alpaca são de grande utilidade para o homem. A chinchila, roedor que habita certas áreas elevadas dos Andes, é famosa por sua magnífica pele. A ema, pássaro aparentado ao avestruz, com três dedos, ocorre desde a Terra do Fogo até o Brasil central.
A pradarias situadas no sul do Amazonas possuem uma fauna caracteristicamente transicional, entre o Amazonas, de um lado, e o Chaco e os pampas, de outro. Nessa área ocorrem espécies tropicais, tais como macacos, tamanduás, preguiças, antas e papagaios, ao mesmo tempo que animais das regiões mais frias, como avestruzes e tatus. Felídeos de grande porte como a onça-pintada, inclusive jaguarés e pumas, existem em Mato Grosso e outras áreas do interior.
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